女性尿道口邊長小疙瘩很疼可能是毛囊炎、尿道炎、皮脂腺囊腫、生殖器皰疹、尖銳濕疣等因素導致的，建議及時前往正規醫院就醫，并進行針對性的治療。
1、毛囊炎：該疾病是毛囊發生的炎癥性病變，可在女性尿道口發生，出現局部皮膚粗糙、小疙瘩、紅腫、疼痛的癥狀。建議遵醫囑使用紅霉素軟膏、莫匹羅星軟膏、阿莫西林顆粒等藥物進行抗感染治療。
2、尿道炎：該疾病是急、慢性的尿道炎癥，女性可能會出現尿道刺癢、尿頻、尿痛、尿道口長小疙瘩等癥狀。建議遵醫囑使用阿奇霉素顆粒、頭孢克肟顆粒、頭孢克洛顆粒等藥物來消炎。
3、皮脂腺囊腫：該疾病是指皮脂逐漸淤積形成囊腫的良性皮膚病變，可在女性周圍發生，出現小疙瘩、紅腫、疼痛等不適。可在醫生的建議下通過皮脂腺囊腫切除術來治療，可以直接切除囊腫，達到治療的目的。
4、生殖器皰疹：單純皰疹病毒感染可能會引起生殖器皰疹，可能會在尿道口出現小疙瘩、輕微疼痛等癥狀。可以遵醫囑使用阿昔洛韋分散片、泛昔洛韋片、鹽酸伐昔洛韋片等抗病毒藥物進行治療。
5、尖銳濕疣：尖銳濕疣是由人乳頭瘤病毒感染引起的以疣狀病變為主的性傳播疾病，可在尿道口出現小疙瘩、瘙癢、疼痛等癥狀。可遵醫囑使用咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏、鬼臼毒素軟膏等藥物來治療，可以抑制細胞增殖。
治療期間要養成良好的衛生習慣，勤洗手、勤洗澡、勤換洗衣物。