毛滴蟲主要寄生于陰道的鱗狀上皮表面中，而不是寄生于柱狀上皮表面。子宮頸雖也受到感染，但滴蟲發(fā)現(xiàn)率只為13%。尿道和尿道旁腺也是滴蟲喜于寄生的部位，滴蟲陽性率達90%。陰道毛滴蟲常粘附于上皮細胞作阿米巴運動。爬行在單層細胞的上面或下面，推測這種機械性損傷引起癥狀；另外滴蟲釋放毒性物質(zhì)引起病變，在滴蟲不能到達的上皮下組織中可有嚴重的細胞浸潤；再有細菌感染改變了陰道PH值，且炎癥引起組織壞死，這些也有利于滴蟲的入侵。

在陰道，滴蟲可引起急性炎癥反應，使陰道分泌物增加，內(nèi)含大量多核細胞，滴蟲在陰道腔內(nèi)或粘于陰道粘膜細胞表面，而不進入粘膜內(nèi)。在粘膜表面常有微量小出血點、累及顆粒層和棘細胞層。毛細血管有增生現(xiàn)象。